Muchas huellas yacen sobre las tierras de Naharros, pero ninguna tan profunda y sublime como aquellas que el románico levanto en su iglesia.
Sus orígenes se encuentran en la repoblación cristiana, sobre el año 1200. Hay dos teorías para explicar el nombre del pueblo. En primero lugar se dice que pudo tomarlo de Pedro Fernández Navarro, fundador de la Orden de Santiago, o de sus descendientes; mientras que la segunda dice que tomaría el nombre de Navarros, que participaron en la conquista y repoblación de Cuenca. En sus comienzos el pueblo fue aldea de Huete y parece ser que antes de Naharros se llamó Guía de Vegas.
